Михаил Сухов 
Проверил - синхронизация прошла успешно. Проверял на дев версии, но на боевой эта часть такая же. А сколько инструментов примерно?
Я и один пробовал, и много.
Вот например, на чистой базе гидры добавляю один инструмент через свой чудо-плагин.В источнике включен инструмент ALL. Подключаю, делаю синхронизацию. В студии пишет, что добавлено 19 инструментов.
Добавляю инструменты в гидре через источник финам.
В получается целая куча. В источнике включен инструмент ALL. Подключаю, делаю синхронизацию. Пишет, что добавлено 19 инструментов.
Добавляю несколько в источнике. Тогда после синхронизации те 19 + эти что добавил.
В студии при этом инструменты не появляются. И бд студии тоже.
Студия и гидра 4.1.16.1
Ну и заодно, вот какой случай: в студии в справочнике бирж, добавляю в верхней части информацию о бирже, заполняю, жму сохранить, появляется в правом списке.
Далее в информации о биржевых площадках:
пишу код, данные и т.д. =>
сохранить (при выбранной, только что добавленной инфе о бирже) =>
"код площадки был изменен, будет создана новая площадка" => ok =>
"SqLiteException - Abort due to constrain violation: ExchangeBoard.Exchange may not be Null"
Подозреваю, что в контроле фейл.