seashaman 
впервые о таком слышу, а где про это можно поподробнее узнать?
«Не допускается совершение кросс-сделок, а именно, сделок совершаемых участником торгов за свой счет, в которых этот участник одновременно является продавцом и покупателем ценных бумаг, или сделок, совершаемых за счет одного и того же клиента сделки, при этом указанное лицо может являться клиентом одного или двух участников торгов или клиентом одного или двух брокеров (иностранных брокеров), являющихся клиентами одного или двух участников торгов (далее – кросс-сделки), в том числе, когда в соответствии с правилами проведения торгов заключение сделки на основании заявки осуществляется с клиринговой организацией.»
Положение о деятельности по организации торговли на рынке ценных бумаг, утвержденное приказом Федеральной службы по финансовым рынкам от 09.10.2007 № 07-102/пз-н (зарегистрировано в Министерстве юстиции Российской Федерации 14.11.2007, регистрационный № 10489) пункт 5.3.4
Можно еще это почитать:
Положение о порядке и условиях поддержания цен, спроса, предложения или объема торгов финансовым инструментом, иностранной валютой и (или) товаром и Изменений в Положение о порядке оказания услуг, способствующих заключению срочных договоров (контрактов), а также особенностях осуществления клиринга срочных договоров (контрактов), утвержденное приказом ФСФР России от 24.08.2006 № 06-95/пз-н
Можно запускать разные стратегии. Если хотите избежать кросс-заявок, то либо делаете это в своей программе, либо запускаете стратегии с разных клиентов.